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對于肛門疾病的診斷，電子肛門鏡、肛瘺鏡是常用的檢查手段。電子肛門鏡由于進鏡的深度相應較短，肛門鏡檢查患者一般不會產生過多的不適感，不會有過多的痛苦。通過肛門鏡可以觀察到肛周的整體表現，內痔、外痔、混合痔、肛裂、肛瘺、肛門膿腫、肛瘙癢、直腸脫垂、直腸息肉等多種肛腸疾病。如果發現腫物還可以進行取材病理，進行病理檢查。因此對于肛門鏡檢查，患者不需過度緊張，一般都是可以完全耐受這個檢查操作的。
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